科山寺坐北朝南偏东，是少见的佛道儒三教共奉的寺庙。寺内建筑在同一水平线上，自西而东分三路组成：西路三宝殿、观音堂、祖师厅；中路关帝殿、文昌阁；东路庄先生祠、刘望海报德祠。建筑均穿斗抬梁混合式结构，硬山式屋顶和歇山式屋顶互相嫓美。近时新建的“大乘阁”也即将竣工，整座建筑大气恢弘，金碧辉煌，犹如金顶隐映在苍翠间。
寺中有清末名士、画家林渊、黄朝栋撰写的石刻柱联多副和当代全国著名书法家虞愚和梁披云分别书写的"科山寺""圆通宝殿"和"大雄宝殿"匾额。一代高僧弘一法师抗日期间曾三次来寺讲经说法并题有"慧水胜境"四字于寺内。报德祠内尚有明万历名宦、著名地方史家何乔远撰写的长篇颂德碑记，均为书法、文章佳作。
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