隆武皇帝的即位，得益于以郑芝龙为首的郑氏集团的支持，作为明末以来活跃在东南沿海乃至整个东南亚地区最强大的海上武装贸易集团的领袖，郑芝龙所掌握的海军力量在那个年代无出其右者，隆武帝对郑芝龙及其族人也是恩宠有加，郑芝龙长子郑成功在此时被赐姓朱。
尽管已经是朝廷的“定策元勋”从本质上来说，郑芝龙依然没有改变其军阀心理。他所关注的只是保住自己多年经营的地盘、军队和海上贸易的巨额财富，而不是效忠于大明或是大清。整个隆武时期，郑芝龙都拒绝执行皇帝任何进攻性指令，当清军对福建发起进攻之时，他也不想牺牲自己的实力来保卫隆武朝廷。权衡利弊以后，郑芝龙向清朝投降，尽管对方仅仅给的是一张“三省总督”的空头支票，他离开了自己的军队和根据地，只身前往清军大营，随后即被押往北京并被软禁。清朝本以为控制了郑芝龙，就可以顺利接管全部的郑氏集团，而当屡次招降不成的时候，郑芝龙也就没了存在的意义。
在降清这件事情上，郑芝龙表现出来的幼稚和短视让人诧异，他的见地甚至不如年仅二十岁的儿子郑成功，这位少年英雄不但拒绝投降，而且在以后的岁月里他历经战火淬炼，逐渐成长为东南地区抗清的中流砥柱，海上孤忠，壮怀激烈。
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